1950年(昭和25年)秋、米国ペンシルバニア州ワシントンに初めてポニーリーグが結成されました。
日本には昭和50年(1975年)誕生、この様な組織を日本の少年にもと、熱心な野球関係者の声が結集 し、昭和50年5月、米国ボーイズベースボール協会ポニーリーグ公認の下に、日本ポニーリーグ野球 協会が結成されました。
更に51年小学生高学年を対象として、ブロンコリーグが生まれ、名称も日本ボーイズベースボール 協会と改めましたが、53年本部の米国に倣って、現在の日本ポニーベースボール協会に改称しました。
1983年(昭和58年)には日本のブロンコリーグが初めてハワイでのアジア太平洋地域選手権大会に 出場、ポニーリーグでも翌1984年(昭和59年)より太平洋地域選手権大会を日本で開催した。
1986年(昭和61年)にアジア太平洋地域選手権大会で優勝し、世界選手権大会に初参加で準優勝と 輝かしい成績をおさめました。
ポニー(中学生)、ブロンコ(小学高学年生)両リーグとも、協会指定の硬球を使用して、公認野球規則を 基にして行われますが、各々の成長に応じて、ベース間、投手~本塁間、ホームラン距離等年齢に合った 距離が定められており、又健康にも注意が行き届いたルールが規定されていると共に、全員スポーツ傷害 保険の加入が義務づけられています。
昭和58年度からはバットも指定され、公式戦に使用されています。
日本ポニーベースボール協会は、平成23年6月1日付で内閣府より公益法人格を認定され、「公益社団法人日本ポニーベースボール協会」となりました。